电磁流量计除极少产所应工艺需要安装视境外，实际使用的工艺管道都是不透明的，因而无法观察到管道内流动情况。但在许多的场所，因工艺或介质本身的原因，所测液体常含一些气泡。电磁流量计属于速度型的测量方式，气泡在管道圆截面中所占据的面积百分率，几乎就等同于气泡对流量测量的影响量。此外会产生尖峰脉冲干扰电势，其值远大于正常的流量信号。通常电磁流量转换器无法有效地处理如此的干扰，轻者导致测量值不稳定，情况严重时仪表根本无法工作。在一些缺乏经验的用户仅从测量的要求出发，对电磁流量计的安装位置没有考虑防止气泡等工艺上的特点，容易发生一些运行方面的问题。
电磁流量计在线测量中，最怕被测液体介质中含有大量的气泡。介质中的泡状气体的出现有时候是从外界吸入，有时是从液体溶液中溶解气体转变成游离状气泡，基本上气泡的形成就是这两种方式。如果被测液体介质中含有较大的气泡，那很可能会在擦过电极的时候能遮盖整个电极，使流量信号输入回路时瞬间断开，致使信号晃动，这样的话电磁流量计测量的结果就是不准确。
判别办法：最简单的判别办法是当遇到晃动时，切断磁场的励磁回路电流，假如此时电磁流量计仍然有显示且不稳定时，那么大部分可能是由于气泡影响导致。此时用万用表量电极的电阻值，可量到电极的回路电阻要比正常时高，但该测试需求靠专业人员长期累计的测试经历和数据。
处理办法：关于被测介质中含有空气的状况，假如判别是由装置位置惹起的，如因电磁流量计装在管系高点而滞留气体或外界吸入空气形成电磁流量计晃动的话，改换装置位置是最彻底的处理办法，在管线最低点或采用U型管装置。但很多应用状况是口径较大或者装置的位置不易改换，倡议在流量计上游安装集气包和排气阀，一台大口径的电磁流量计，因气泡造成显示的晃动越可达20～50％，在安装了排气装置后，测量即恢复正常。